根据2008年度中国科技论文与引文数据库（CSTPCD 2008）统计结果，由中国药理学会主办的《中国药理学通报》荣获2008年“百种中国杰出学术期刊”称号。

2009年，经中国科协精品期刊工程项目评审委员会近期对中科协所属862种期刊的评审，《中国药理学通报》荣获中国科协精品科技期刊工程示范项目。

由中国学术期刊评价委员会、武汉大学中国科学评价研究中心、科技部中信所、美国Thomson Scientific集团等合作研发的《中国学术期刊评价研究报告—— RCCSE权威，核心期刊排行榜与指南》一书近日已由科学出版社与龙门书局联合出版。该书将现有中文期刊按A⁺（5%：称权威学术期刊）；A（5.1%-20%；称核心学术期刊）；B⁺（20.1%-50%；称标准核心期刊）；B（50.1%-80%；称一般期刊）；C (80.1%-100%；称较差期刊）分类排出。《中国药理学通报》在67种国内药学学术期刊中排在A⁺ 1/67,即权威学术期刊药学学科第一。

在刚刚结束的安徽省期刊评选中，《中国药理学通报》以唯一的科技学术期刊获得一等奖。